Z każdym dniem przybywa wątpliwości praktycznych związanych z Krajowym Systemem eFakur. Jednak, część z nich znajduje już odpowiedzi w interpretacjach podatkowych. Ciekawym głosem jest interpretacja z 18 listopada 2025r. dotycząca zakresu badania naszego kontrahenta i jego obowiązków w KSeF a prawa do odliczenia VAT z wystawionej przez niego faktury poza KSeF.
Wątpliwości
Sprawę zainicjował podatnik, który nabywa dla potrzeb prowadzonej działalności gospodarczej, od podmiotów będących czynnymi podatnikami VAT różnego rodzaju towary i usługi, które są wykorzystywane przez Spółkę do wykonywania czynności opodatkowanych podatkiem VAT. Zakup ww. towarów i usług dokumentowany jest przez powyższe podmioty fakturami VAT, na których wykazane są kwoty podatku VAT (gdy sprzedaż taka podlega opodatkowaniu VAT).
W związku z wejściem w życie przepisów o obowiązkowym Krajowym Systemie e-Faktur (dalej: KSeF), od 1 lutego 2026 r., Spółka będzie otrzymywać od swoich dostawców faktury zakupowe w postaci:
- faktury papierowej,
- faktury elektronicznej (o której mowa w art. 2 pkt 32 ustawy o VAT), w tym faktury wystawione zgodnie ze wzorem faktury ustrukturyzowanej,
- faktury ustrukturyzowanej, o której mowa w art. 2 pkt 32a ustawy o VAT.
W rozliczeniu za okres w którym spełnione zostaną warunki wynikające z art. 86 ustawy o podatku od towarów i usług i niezaistnienia przesłanek negatywnych wynikających z art. 88 ustawy o VAT, A zamierza skorzystać z przysługującego mu prawa do pomniejszenia podatku należnego o kwotę podatku naliczonego wykazanego na fakturach zakupowych. Z prawa tego Spółka zamierza również skorzystać w sytuacji, gdy faktura dokumentująca dany zakup i dostarczona do Spółki, wbrew obowiązkowi wynikającemu z ustawy o VAT, po 1 lutym 2026 r. zostanie wystawiona bez użycia Krajowego Systemu e-faktur.
Przykładowo, może zdarzyć się sytuacja, w której Dostawca zgodnie z zawartą pomiędzy Stronami umową wystawi fakturę, która będzie dokumentowała rzeczywistą transakcję i będzie prawidłowa pod względem merytorycznym, ale nie wystawi jej jako faktury ustrukturyzowanej przy użyciu KSeF, uznając że nie jest objęty tym obowiązkiem. Następnie, po otrzymaniu przez A faktury zakupowej w innej formie niż ustrukturyzowana, okaże się że Dostawca jest objęty obowiązkiem wystawienia faktury przy użyciu KSeF, gdyż nie spełnia warunków do zwolnienia z tego obowiązku. Ta sytuacja może również dotyczyć okresu przejściowego, tj. od 1 lutego do 1 kwietnia 2026 r., kiedy to grupa podatników będzie korzystała ze zwolnienia z obowiązku wystawiania i przesyłania faktur przy użyciu KSeF ze względu na kryterium przychodowe.
Może również zdarzyć się sytuacja, że Dostawca nie wystawi faktury przy użyciu KSeF powołując się na okoliczności takie jak awaria, czy niedostępność KSeF, lub inne przyczyny i prześle do Spółki fakturę poprawną pod względem merytorycznym, ale w innej formie niż ustrukturyzowana. Nie można również wykluczyć sytuacji, że Dostawca, wbrew obowiązkowi nie udostępni w KSeF faktur wystawianych w ramach trybów awaryjnych, natomiast prześle te faktury w postaci innej niż ustrukturyzowana (poza KSeF).
Czy mamy prawo do odliczenia VAT?
Wobec powyższego, podatnik miał wątpliwości, czy w związku z wprowadzeniem od 1 lutego 2026 r. obligatoryjnego KSeF, będzie mu przysługiwało prawo do odliczenia VAT naliczonego wynikającego z otrzymanych faktur zakupowych wystawionych przez Dostawców również w przypadku, gdy wbrew obowiązkowi ustawowemu faktura zakupowa, z której będzie wynikał VAT naliczony, zostanie wystawiona poza KSeF?
Zdanie Organu
Organ przypomniał, że zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t. j. Dz. U. z 2025 r. poz. 775 ze zm.), zwanej dalej „ustawą”:
W zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych podatnikowi, o którym mowa w art. 15, przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, z zastrzeżeniem art. 114, art. 119 ust. 4, art. 120 ust. 17 i 19 oraz art. 124.
Stosownie do art. 86 ust. 2 pkt 1 ustawy:
Kwotę podatku naliczonego stanowi suma kwot podatku wynikających z faktur otrzymanych przez podatnika z tytułu:
a) nabycia towarów i usług,
b) dokonania całości lub części zapłaty przed nabyciem towaru lub wykonaniem usługi.
Jak wynika z powyższych przepisów, prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przysługuje wówczas, gdy zostaną spełnione określone warunki, tzn. odliczenia tego dokonuje podatnik podatku od towarów i usług oraz gdy towary i usługi, z których nabyciem podatek został naliczony są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych. Warunkiem umożliwiającym podatnikowi skorzystanie z prawa do odliczenia podatku naliczonego jest związek zakupów z wykonanymi czynnościami opodatkowanymi, tzn. takimi, których następstwem jest określenie podatku należnego (powstanie zobowiązania podatkowego).
Przedstawiona wyżej zasada wyklucza zatem możliwość dokonania obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego związanego z towarami i usługami, które nie są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, czyli w przypadku ich wykorzystania do czynności zwolnionych od podatku VAT oraz niepodlegających temu podatkowi.
W myśl art. 86 ust. 8 pkt 1 ustawy:
Podatnik ma również prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, o której mowa w ust. 2, jeżeli importowane lub nabyte towary i usługi dotyczą dostawy towarów lub świadczenia usług przez podatnika poza terytorium kraju, innych niż te, do których stosuje się zwolnienie, o którym mowa w art. 113b ust. 1, jeżeli kwoty te mogłyby być odliczone, gdyby były wykonywane na terytorium kraju, a podatnik posiada dokumenty, z których wynika związek odliczonego podatku z tymi czynnościami.
Organ podkreśla, że ustawodawca zapewnił podatnikowi prawo do odliczenia podatku naliczonego w całości lub w części, pod warunkiem spełnienia przez niego zarówno przesłanek pozytywnych, wynikających z art. 86 ust. 1 ustawy oraz niezaistnienia przesłanek negatywnych, określonych w art. 88 ustawy. Przepis ten określa listę wyjątków, które pozbawiają podatnika prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego.
W myśl art. 88 ust. 3a ustawy:
Nie stanowią podstawy do obniżenia podatku należnego oraz zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego faktury i dokumenty celne w przypadku gdy:
1) sprzedaż została udokumentowana fakturami lub fakturami korygującymi:
a) wystawionymi przez podmiot nieistniejący;
b) (uchylona)
2) transakcja udokumentowana fakturą nie podlega opodatkowaniu albo jest zwolniona od podatku;
3) (uchylony)
4) wystawione faktury, faktury korygujące lub dokumenty celne:
a) stwierdzają czynności, które nie zostały dokonane – w części dotyczącej tych czynności,
b) podają kwoty niezgodne z rzeczywistością – w części dotyczącej tych pozycji, dla których podane zostały kwoty niezgodne z rzeczywistością,
c) potwierdzają czynności, do których mają zastosowanie przepisy art. 58 i 83 Kodeksu cywilnego – w części dotyczącej tych czynności;
5) faktury, faktury korygujące wystawione przez nabywcę zgodnie z odrębnymi przepisami nie zostały zaakceptowane przez sprzedającego;
6) (uchylony)
7) wystawiono faktury, w których została wykazana kwota podatku w stosunku do czynności opodatkowanych, dla których nie wykazuje się kwoty podatku na fakturze – w części dotyczącej tych czynności.
W oparciu o art. 88 ust. 4 ustawy:
Obniżenia kwoty lub zwrotu różnicy podatku należnego nie stosuje się również do podatników, którzy nie są zarejestrowani jako podatnicy VAT czynni, zgodnie z art. 96, z wyłączeniem przypadków, o których mowa w art. 86 ust. 2 pkt 7.
Zgodnie z powyższą regulacją, z prawa do odliczenia podatku skorzystać mogą wyłącznie podatnicy, którzy są zarejestrowani jako podatnicy VAT czynni.
Stosownie do art. 15 ust. 1 ustawy:
Podatnikami są osoby prawne, jednostki organizacyjne niemające osobowości prawnej oraz osoby fizyczne, wykonujące samodzielnie działalność gospodarczą, o której mowa w ust. 2, bez względu na cel lub rezultat takiej działalności.
W świetle art. 15 ust. 2 ustawy:
Działalność gospodarcza obejmuje wszelką działalność producentów, handlowców lub usługodawców, w tym podmiotów pozyskujących zasoby naturalne oraz rolników, a także działalność osób wykonujących wolne zawody. Działalność gospodarcza obejmuje w szczególności czynności polegające na wykorzystywaniu towarów lub wartości niematerialnych i prawnych w sposób ciągły dla celów zarobkowych.
Faktury
Ponadto, zgodnie z art. 106b ust. 1 ustawy:
Podatnik jest zobowiązany wystawić fakturę dokumentującą:
1) sprzedaż, a także dostawę towarów i świadczenie usług, o których mowa w art. 106a pkt 2, dokonywane przez niego na rzecz innego podatnika podatku, podatku od wartości dodanej lub podatku o podobnym charakterze lub na rzecz osoby prawnej niebędącej podatnikiem;
2) wewnątrzwspólnotową sprzedaż towarów na odległość, chyba że podatnik korzysta z procedury szczególnej, o której mowa w dziale XII w rozdziale 6a;
3) wewnątrzwspólnotową dostawę towarów na rzecz podmiotu innego niż wskazany w pkt 1;
4) otrzymanie przez niego całości lub części zapłaty przed dokonaniem czynności, o których mowa w pkt 1 i 2, z wyjątkiem przypadku, gdy zapłata dotyczy:
a) wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów,
b) czynności, dla których obowiązek podatkowy powstaje zgodnie z art. 19a ust. 5 pkt 4,
c) dostaw towarów, dla których obowiązek podatkowy powstaje zgodnie z art. 19a ust. 1b.
Przepis art. 2 pkt 31 ustawy stanowi, że:
Ilekroć w przepisach ustawy jest mowa o fakturze – rozumie się przez to dokument w formie papierowej lub w formie elektronicznej zawierający dane wymagane ustawą i przepisami wydanymi na jej podstawie.
Na podstawie art. 2 pkt 32 ustawy:
Ilekroć w przepisach ustawy jest mowa o fakturze elektronicznej – rozumie się przez to fakturę w formie elektronicznej wystawioną i otrzymaną w dowolnym formacie elektronicznym.
Według art. 2 pkt 32a ustawy:
Ilekroć w dalszych przepisach jest mowa o fakturze ustrukturyzowanej – rozumie się przez to fakturę wystawioną przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur wraz z przydzielonym numerem identyfikującym tę fakturę w tym systemie.
Jak wynika z treści art. 106g ust. 3a ustawy:
Faktura ustrukturyzowana jest udostępniana i otrzymywana za pomocą oprogramowania interfejsowego, o którym mowa w art. 106nc ust. 1.
KSEF 2.0
Stosownie do art. 106ga ust. 1-4 ustawy, który wejdzie w życie od 1 lutego 2026 r.:
- Podatnicy są obowiązani wystawiać faktury ustrukturyzowane przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur.
- Obowiązek, o którym mowa w ust. 1, nie dotyczy wystawiania faktur:
1) przez podatnika nieposiadającego siedziby działalności gospodarczej ani stałego miejsca prowadzenia działalności gospodarczej na terytorium kraju;
2) przez podatnika nieposiadającego siedziby działalności gospodarczej na terytorium kraju, który posiada stałe miejsce prowadzenia działalności gospodarczej na terytorium kraju, przy czym to stałe miejsce prowadzenia działalności nie uczestniczy w dostawie towarów lub świadczeniu usług, dla których wystawiono fakturę;
3) przez podatnika korzystającego z procedur szczególnych, o których mowa w dziale XII w rozdziałach 7, 7a i 9, dokumentujących czynności rozliczane w tych procedurach;
4) na rzecz nabywcy towarów lub usług będącego osobą fizyczną nieprowadzącą działalności gospodarczej;
5) w przypadku odpowiednio udokumentowanych dostaw towarów lub świadczenia usług, określonych w przepisach wydanych na podstawie art. 106s.;
6) przez podatnika korzystającego ze zwolnienia, o którym mowa w art. 113a ust. 1; - W przypadku, o którym mowa w ust. 2, wystawia się faktury elektroniczne lub faktury w postaci papierowej.
- W przypadku, o którym mowa w ust. 2 pkt 1 i 2, podatnicy mogą wystawiać faktury ustrukturyzowane.
W myśl art. 106gb ust. 8 ustawy, który wejdzie w życie od 1 lutego 2026 r.:
Minister właściwy do spraw finansów publicznych udostępnia na elektronicznej platformie usług administracji publicznej wzór faktury ustrukturyzowanej.
Według art. 106na ustawy, który wejdzie w życie od 1 lutego 2026 r.: - Fakturę ustrukturyzowaną uznaje się za wystawioną w dniu jej przesłania do Krajowego Systemu e-Faktur.
- Uchylony.
- Faktura ustrukturyzowana jest uznana za otrzymaną przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur w dniu przydzielenia w tym systemie numeru identyfikującego tę fakturę.
- W przypadku udostępnienia faktury ustrukturyzowanej nabywcy, o którym mowa w art. 106gb ust. 4, w sposób inny niż przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur, za datę otrzymania tej faktury uznaje się datę jej faktycznego otrzymania przez tego nabywcę.
Dyrektor KIS podkreśla, że jedną z fundamentalnych zasad konstrukcji podatku od towarów i usług jest prawo podatnika do odliczenia podatku zapłaconego w cenie przy nabyciu towarów i usług związanych z działalnością gospodarczą. Podstawowa zasada wspólnego systemu VAT, jaką jest zasada neutralności podatku, jest rozumiana jako stosowanie podatku od towarów i usług na wszystkich etapach obrotu gospodarczego z równoczesnym prawem do potrącenia podatku zawartego w poprzedniej fazie obrotu.
Wszelkie ograniczenia prawa do odliczenia podatku naliczonego wpływają na neutralność tego podatku i mogą wynikać jedynie z wyraźnej regulacji ustawowej.
Analiza powołanego art. 88 ustawy prowadzi do wniosku, że w dyspozycji tego przepisu, jako przesłanki wyłączającej prawo nabywcy (podatnika) do odliczenia podatku naliczonego, nie ujęto przypadku, gdy podatek naliczony wynika z faktur dokumentujących nabycie towarów i usług, które zostały wystawione wbrew obowiązkowi, bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur.
Organ podkreślił, że celem faktury jest przede wszystkim udokumentowanie rzeczywistego przebiegu zdarzeń gospodarczych, zarówno pod względem przedmiotu transakcji, jak i podmiotów biorących w niej udział. Z powyższego wynika, że o prawidłowości faktur wystawianych i otrzymywanych przez podatników powinny decydować przede wszystkim ustalenia, czy dokumenty te potwierdzają rzeczywiste transakcje handlowe między określonymi podmiotami.
Zdaniem Organu, prawo do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z faktury uzależnione jest od spełnienia warunków wynikających z przepisu art. 86 ust. 1 ustawy, a także od niezaistnienia przesłanek negatywnych, określonych w art. 88 ustawy. Przepis art. 88 ustawy enumeratywnie określa listę przypadków, w których podatnik został pozbawiony prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego. Jednakże nie wymienia opisanego we wniosku przypadku, gdy podatek naliczony wynika z faktur dokumentujących nabycie towarów i usług, wystawionych wbrew obowiązkowi, bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur jako przesłanki negatywnej, powodującej utratę prawa do odliczenia podatku naliczonego (w sytuacji, gdy faktura odzwierciedla prawdziwe zdarzenie gospodarcze).
Mając na uwadze powołane przepisy prawa w kontekście przedstawionego opisu sprawy stwierdzić należy, że czynnemu podatnikowi podatku VAT będzie przysługiwało – na podstawie art. 86 ust. 1 bądź art. 86 ust. 1 pkt 8 ustawy – prawo do odliczenia kwoty podatku naliczonego wynikającego z Faktur Zakupowych dokumentujących nabycie towarów i usług wystawionych wbrew obowiązkowi bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur, wykorzystywanych przez podatnika do czynności opodatkowanych w ramach prowadzonej działalności gospodarczej. Wystawienie faktur zakupowych wbrew obowiązkowi użycia Krajowego Systemu e-Faktur, nie pozbawia Spółki prawa do odliczenia podatku naliczonego, gdyż nie stanowi to negatywnej przesłanki, uniemożliwiającej odliczenie tego podatku, wymienionej w art. 88 ustawy.
Powyższe wynika z faktu, że dla istnienia prawa do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z faktury (nawet w przypadku wskazanym wyżej), obok fundamentalnych przesłanek takich jak status odliczającego jako czynnego, zarejestrowanego podatnika VAT i związek zakupionych towarów i usług z czynnościami opodatkowanymi (u odliczającego) i faktycznie zrealizowana transakcja, to również najistotniejsze jest to, by nabyta usługa lub towar podlegały opodatkowaniu i nie korzystały przy tym ze zwolnienia od tego podatku. Ponadto, prawo do odliczenia przysługuje również, jeżeli importowane lub nabyte towary i usługi dotyczą dostawy towarów lub świadczenia usług przez podatnika poza terytorium kraju, jeżeli kwoty te mogłyby być odliczone, gdyby czynności te były wykonywane na terytorium kraju, a podatnik posiada dokumenty, z których wynika związek odliczonego podatku z tymi czynnościami. Prawidłowe wystawienie faktury papierowej, elektronicznej czy ustrukturyzowanej pod kątem formalnym i materialnym, stanowi spełnienie jednej z przesłanek do skorzystania z prawa do odliczenia. Jej wystawienie bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur nie powoduje jednak tego, że wadliwie wystawiony dokument nie stanowi dowodu istnienia prawa do odliczenia podatku naliczonego.
Zatem w analizowanej sprawie Organ przyznaje, że podatnikowi będzie przysługiwało prawo do odliczenia VAT naliczonego, wynikającego z faktur zakupowych wystawionych na jego rzecz przez Dostawców wbrew obowiązkowi bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur, przy założeniu, że spełnione będą pozostałe warunki uprawniające podatnika do skorzystania z prawa do odliczenia podatku naliczonego.
Autor informacji:
Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej
Data wydania:
2025-11-18
Sygnatura:
0112-KDIL1-3.4012.722.2025.1.MR
© Grafika jest własnością Kancelarii
Jeżeli ten problem Państwa dotyczy, zachęcamy do kontaktu z Kancelarią. Przesyłając wypełniony formularz akceptują Państwo naszą Politykę Prywatności.
