W poprzednim wydaniu naszego biuletynu wspominaliśmy o wyjaśnieniach dotyczących startującego w przyszłym roku obowiązkowego Krajowego Systemu eFaktur (KSeF) LINK. Warto przyjrzeć się szczegółom dotyczącym specyfiki samorządowej. Resort Finansów powołał wyrok z 29 września 2015 r. Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej (TSUE) w sprawie C-276/14 Gmina Wrocław przeciwko Ministrowi Finansów, zgodnie z którym gminne jednostki budżetowe nie mogą być uznane za podatników podatku od wartości dodanej, gdyż nie spełniają kryterium samodzielności. Orzeczenie to wywarło istotny wpływ na zasady rozliczeń VAT dokonywane przez JST i skutkowało tzw. centralizacją, czyli rozliczanie podatku VAT przez JST wraz z urzędem ją obsługującym (urzędem gminy, starostwem powiatowym, urzędem marszałkowskim) oraz pozostałymi, utworzonymi przez JST, samorządowymi jednostkami budżetowymi i samorządowymi zakładami budżetowymi. Wyrazem tego jest posługiwanie się dla celów VAT i JPK identyfikatorem NIP JST. Jednak, co podkreśla Resort, nie wyklucza to jednak posiadania identyfikatora podatkowego NIP przez jednostki podrzędne JST np. w związku z posiadaniem statusu płatnika w podatku dochodowym związku z zatrudnianiem pracowników przez te jednostki. W takich przypadkach na podstawie ustawy o NIP odrębne identyfikatory na te cele będą posiadały poszczególne jednostki podległe JST.
Czym jest e-Faktura?
Przypomnijmy, że art. 2 pkt. 32a oraz 106gb ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U.2025.775, dalej: „ustawa o VAT) definiuje fakturę ustrukturyzowaną jako fakturę wystawianą i otrzymywaną przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur za pomocą oprogramowania interfejsowego, w postaci elektronicznej i zgodnie z wzorem dokumentu elektronicznego w rozumieniu ustawy z dnia 17 lutego 2005 r. o informatyzacji działalności podmiotów realizujących zadania publiczne. Faktura ta jest wystawiana wraz z przydzielonym numerem identyfikującym tę fakturę w tym systemie.
Wystawianie faktur z udziałem JST
JST, jak wyjaśnia Resort, jest zobowiązana do wystawiania faktur na zasadach ogólnych, uwzględniając w nich identyfikator podatkowy NIP, którym posługuje się na cele VAT, nazwę oraz swój adres rejestracyjny (adres siedziby urzędu obsługującego JST). Nie ma przeciwskazań, aby faktury zawierały dodatkowo dane jednostki podrzędnej (np. określenie nazwy samorządowej jednostki budżetowej, jej adresu oraz identyfikatora podatkowego NIP), która faktycznie dokonuje czynności dokumentowanej fakturą. Wystawiona w ten sposób faktura będzie stanowiła podstawę do właściwego przyporządkowania księgowego w dokumentacji prowadzonej przez jednostkę podrzędną. Analogiczne zasady obowiązują przy fakturach wystawianych na rzecz JST. Faktury powinny być wystawiane na JST, z ewentualnym wskazaniem danych jednostki podrzędnej, której dotyczy nabycie udokumentowane daną fakturą.
Struktura logiczna faktury JST
KSeF jest oparty na modelu poświadczeń, tzn., że wymagane jest uwierzytelnienie i autoryzacja danej osoby lub podmiotu w systemie. Po uwierzytelnieniu się w systemie dana osoba lub podmiot korzysta z KSeF w zakresie posiadanych przez siebie uprawnień.
Minister właściwy do spraw finansów publicznych udostępnia na elektronicznej platformie usług administracji publicznej wzór faktury ustrukturyzowanej (art. 106gb ust 8 ustawy o VAT) – jest to tzw. „schema”, wzór faktury ustrukturyzowanej (graficzny). Wzór zaktualizowanej struktury dostępny jest na stronie podatki.gov.pl w sekcji KSeF Struktury dokumentów XML
Powyższa struktura logiczna e-Faktury jest dostosowana do specyfiki JST.
W ramach modelu uprawnień dedykowanego JST, w przypadku faktur sprzedażowych wystawianych przez JST w strukturze FA(3) podaje się:
• dane sprzedawcy – JST, w elemencie Podmiot1 (wraz z identyfikatorem podatkowym NIP JST nadanym na cele VAT),
• dane nabywcy w elemencie Podmiot2,
• dodatkowo – dane jednostki podrzędnej JST (np. samorządowej jednostki budżetowej) w elemencie Podmiot3 (wraz jej identyfikatorem podatkowym NIP oraz wypełnionym polem Rola – „7” – JST wystawca.
Powyższe rozwiązanie umożliwia wystawienie faktury, w której sprzedawcą jest JST, przez osobę lub podmiot działający w ramach danej jednostki podrzędnej JST.
W przypadku otrzymywanych przez JST faktur zakupowych w strukturze FA(3) podaje się:
• dane sprzedawcy w elemencie Podmiot1,
• dane nabywcy – JST, w elemencie Podmiot2 (wraz z identyfikatorem podatkowym NIP JST nadanym na cele VAT), w tym wartość „1” w polu znacznikowym JST,
• dodatkowo – dane jednostki podrzędnej JST (np. samorządowej jednostki budżetowej) w elemencie Podmiot3 (wraz jej identyfikatorem podatkowym NIP oraz wypełnionym polem Rola – „8” – JST odbiorca).
Powyższe rozwiązanie umożliwia dostęp do faktury, w której nabywcą jest JST:
• JST oraz osobom fizycznym lub podmiotom uprawnionym do dostępu do faktur w ramach identyfikatora podatkowego NIP JST,
• osobom fizycznym lub podmiotom działającym w ramach danej jednostki podrzędnej JST, której dane (w tym identyfikator podatkowy NIP) wskazano na fakturze w Podmiot3.
Alternatywnie, JST wraz ze swoimi jednostkami podrzędnymi, może korzystać z modelu uprawnień wykorzystującego identyfikator wewnętrzny, który został opisany w cz. I Podręcznika[1]. Wówczas zamiast identyfikatora podatkowego NIP jednostki podrzędnej na fakturach może być podawany tzw. IDWew jednostki podrzędnej.
Problematyczne pole Podmiot3
Jak już wielokrotnie wskazywano w poprzednich publikacjach, samorządy mogą mieć potencjalnie ogromną trudność w zorganizowaniu prawidłowego obiegu faktur z uwagi na pozostawienie pola Podmiot3 jako nieobowiązkowego w sensie prawnym a e-faktura bez wypełnienia danych jednostki zostanie przyjęta przez system (ustawa o VAT ani rozporządzenia wykonawcze nie zawierają takiego prawnego nakazu).
Wśród zaplanowanych zmian w e-fakturach znalazł się więc wymóg podania na fakturze NIP jednostki podległej JST. W tym celu zaproponowana zmiana samej schemy e-faktury poprzez wprowadzenie obowiązku wypełniania elementu „Podmiot3”.
W celu zapewnienia dostępu do faktur jednostkom podrzędnym JST, w strukturze logicznej FA(3) wprowadzone zostało także, wspomniane wyżej rozwiązanie, polegające na konieczności wypełnienia znacznika JST na fakturze w danych nabywcy (Podmiot2). Każdy podatnik, który będzie wystawiał fakturę, będzie zobligowany do wskazania na niej, czy dotyczy ona jednostki podrzędnej JST. Odbywać się to będzie poprzez właściwe wypełnienie znacznika jednostki podrzędnej JST – tj. wskazanie „1” lub „2” w polu JST. W sytuacji, gdy wystawca faktury wskaże „1” – oznacza to, że faktura dotyczy jednostki podrzędnej JST. W takim przypadku, wystawca faktury powinien wypełnić sekcję Podmiot3, w szczególności podać NIP (lub identyfikator wewnętrzny w przypadku korzystania z modelu uprawnień wykorzystującego IDWew) i określić rolę jako „8”. Wartość „2″ oznacza, że faktura nie dotyczy jednostki podrzędnej JST.
Przyjęte rozwiązanie -argumentuje Ministerstwo Finansów -stanowi zatem kompromis pomiędzy oczekiwaniami JST, a prawnymi możliwościami rozbudowy struktury e-Faktury w tym zakresie.
Jednocześnie, Resort zachęca, aby w programach komercyjnych zintegrowanych z API KSeF 2.0 zostały wprowadzone mechanizmy sugerujące konieczność wypełnienia sekcji Podmiot3, w przypadku gdy w sekcji Podmiot2 wskazano, że faktura dotyczy jednostki podrzędnej JST. Analogiczne rozwiązanie planowane jest w bezpłatnych narzędziach MF tj. w Aplikacji Podatnika KSeF 2.0, która w wersji testowej będzie dostępna w listopadzie 2025 r
Podstawy prawne i czas na dostosowanie się
Znowelizowany KSeF 2.0. wynika z ustawy z dnia 5 sierpnia 2025 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz ustawy o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług (dalej: „ustawa o VAT”) oraz niektórych innych ustaw (Dz.U. 2025 poz 1203). Ustawodawca przewidział dość długi, ponad roczny czas na bezpieczne dla podatników „testowanie” systemu.
Wejście w życie nowych regulacji zaplanowane jest etapowo, począwszy od 1 lutego 2026r. Resort Finansów zakłada bowiem roczny czas przystosowywania się do obowiązkowego e-fakturowania. Art. 145l ustawy o VAT zakłada bowiem, że w okresie od dnia 1 lutego 2026 r. do dnia 31 marca 2026 r. podatnicy obowiązani do wystawiania faktur ustrukturyzowanych mogą wystawiać faktury elektroniczne lub faktury w postaci papierowej, jeżeli łączna wartość sprzedaży wraz z kwotą podatku u tych podatników nie przekroczyła w 2024 r. kwoty 200 000 000 zł. Nie przewidziano tu żadnych odstępstw dla JST czy ich spółek zależnych ani chociażby Samorządowych Instytucji Kultury.
Od lutego 2026r. zmienia się brzmienie art. 106ga ustawy o VAT. Podatnicy są, zgodnie z jego ust.1, już od tego momentu obowiązani wystawiać faktury ustrukturyzowane przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur.
Art. 145m ust. 1 ustawy o VAT zakłada też, że w okresie od dnia 1 kwietnia 2026 r. do dnia 31 grudnia 2026 r. podatnicy obowiązani do wystawiania faktur ustrukturyzowanych mogą wystawiać faktury elektroniczne lub faktury w postaci papierowej, jeżeli łączna wartość sprzedaży wraz z kwotą podatku u tych podatników udokumentowana tymi fakturami wystawionymi w danym miesiącu jest mniejsza lub równa 10 000 zł. Podatnik taki straci jednak prawo do wystawiania faktur elektronicznych oraz faktur w postaci papierowej począwszy od faktury, którą przekroczono tą wartość.
Podkreślić jednak należy, że powyższe dotyczy sprzedawców. Nabywcy – w tym JST – zaś nie będą mieli wyboru – będą musieli otrzymywać (co do zasady, przewidziano wyjątki) faktury wystawione w KSeF, niezalenie od ich obrotów.
Wystawianie w okresie przejściowym faktur i paragonów fiskalnych przez podatników obowiązanych do wystawiania faktur ustrukturyzowanych reguluje zaś art. 145n ust. 1 ustawy o VAT. W okresie od dnia 1 lutego 2026 r. do dnia 31 grudnia 2026 r. podatnicy obowiązani do wystawiania faktur ustrukturyzowanych mogą wystawiać:
1) faktury elektroniczne lub faktury w postaci papierowej przy zastosowaniu kas rejestrujących;
2) paragony fiskalne uznane za faktury.
Również przepisy sankcyjne wejdą w życie z ponad rocznym opóźnieniem (w styczniu 2027r.).
[1] https://ksef.podatki.gov.pl/media/cq3laefg/podrecznik-ksef-2-0-cz-i-rozpoczecie-korzystania-z-ksef.pdf
© Grafika jest własnością Kancelarii
Jeżeli ten problem Państwa dotyczy, zachęcamy do kontaktu z Kancelarią. Przesyłając wypełniony formularz akceptują Państwo naszą Politykę Prywatności.
